Múzea je členené na 2 expozície umiestnené na štyroch podlažiach, od suterénnych priestorov po podkrovie. Celková plocha expozícií je 1400 m². Priestory v suteréne sú upravené pre expozíciu Kras a jaskyne Slovenska, ktorá predstavuje fenomén krasu vo všetkých súvislostiach, od hydrológie, cez povrchový a podzemný kras a jeho ochranu, ľadové jaskyne a ich ochranu, jaskynnú výzdobu, biospeleológiu a speleorcheológiu, až po jaskyniarstvo ako činnosť človeka, ktorou objavuje svet tmy a ticha a vnímanie tejto aktivity ako záujmovej činnosti, vedného odboru, zberateľstva i umeleckej inšpirácie. Súčasťou tejto časti expozície je malý klub pre klubovú činnosť, prácu s návštevníkom, prípadne oddychovú miesto na prezretie si filmov o práci kurátorov múzea alebo starších filmov o objavovaní jaskýň z múzejných zbierok.
Na prízemí historickej budovy sa nachádza expozícia venovaná histórii budovy a inštitúcie. Ponúka možnosť vzliadnuť niekoľko filmov viažúcich sa k samotnej rekonštrukcii múzea, histórii inštitúcie, múzejných a archívnych zbierkach a práci kurátorov. Je doplnená o artefakty z archeologického výskumu realizovaného počas stavebných prác a ponúka aj nádherné reštaurované časti pôvodných nástenných malieb. Na tomto podlaží sú umiestnené ďalšie prezentačné priestory – polyfunkčná miestnosť prispôsobená na realizáciu konferencií, tvorivých dielní a prednášok, ako aj pre environmentálne vzdelávanie, v rámci ktorého ponúka podmienky pre precvičovanie zručností s mikroskopom a laboratórne práce. Nechýba ani výstavná sieň pre výstavy.
Prvé poschodie je venované časti expozície Chránená príroda Slovenska – Zem miesto pre život a približuje geo- a biodiverzitu života a ich ochranu. Prehliadka tejto expozície začína prezentáciou ako vznikol vesmír a naša planéta. Pútavou formou navodí atmosféru vzniku Zeme, prvých atómov a zlúčenín, ktoré vo vesmíre vznikali. Ďalej osobitou formou predstavíme mineralogický systém od prvkov po základné skupiny zlúčenín. Ich chemické zloženie pomôžu pochopiť aj tóny jednotlivých hudobných nástrojov. V mineralogickej časti sa oboznamujeme aj s chránenými a drahými minerálmi a predstavujeme fragmenty niekoľkých slovenských meteoritov, dozvieme sa niečo o ťažbe surovín a minerálov. Postupne sa dostaneme do časti venovanej živej prírode. Prehliadku začíname ríšou rastlín a húb s informáciami a ukážkami slovenských naj, ohrozených rastlín, endemitov a reliktov, ako aj filmom, ktorý objasní jeden z najväčších zázrakov života – fotosyntézu.
V ďalšej časti expozície sa oboznámime s rôznymi typmi biotopov a druhmi, čo v nich žijú. Nielen deti priťahuje možnosť vypočuť si zvuky, aké živočíchy vydávajú. Ponúkame informácie o domestifikovaných druhoch, inváznych druhoch a druhoch, ktoré žijú v našom najbližšom okolí. V ďalšej časti expozície venovanej histórii ochrany prírody na území Slovenska sa dozvieme aj o podstate života, ktorú vlastne chránime, o DNA, genetickom kóde a základoch biodiverzity. Predstavíme tri najvýznamnejšie dohovory o ochrane prírody, mapy chránených území, diorámu chránených druhov európskeho významu a výber z najkrajších záberov území európskeho významu a druhov európskeho významu. V časti životné prostredie sa na chvíľu môžeme zamyslieť nad tým, čo sa môže stať, ak nezmeníme svoj prístup k životnému prostrediu a potom sa ocitneme na spätnej ceste k vzniku života na Zemi. Či by však planéta Zem dostala ešte takú šancu je veľmi nepravdepodobné. A keď si uvedomíme ako dlho to všetko trvalo, musí byť pocit potreby chrániť život na tejto planéte umocnený.
Cez banskú štôlňu a informácie o baníctve v horských oblastiach sa dostaneme do podkrovia, kde na nás už ďalšia časť expozície Chránená príroda Slovenska – Človek, hory, NATURA 2000 venovaná problematike trvalej udržateľnosti. V tejto časti sa oboznámime s jednotlivými hospodárskymi aj voľnočasovými aktivitami človeka, ktoré mali a majú vplyv na krajinu a okolitú prírodu: lesníctvo a drevárstvo, poľnohospodárstvo osobitne v marginalizovaných oblastiach, včelárovo, rybárstvo a poľovníctvo. Sú to všetko činnosti človeka, ktoré sú nevyhnutné aj z pohľadu ekonomiky a zároveň môžu byť pre človeka zaujímavými koníčkami. Na protiľahlej strane expozície sa oboznámime s voľnočasovými aktivitami človeka v prírode, ktoré mu pomáhali, pomáhajú a aj budú musieť pomáhať regenerovať jeho fyzické a psychické sily, napr. turistika a horolezectvo, lyžovanie a skialpinizmus. Záver tejto časti expozície má návštevníkovi priblížiť dopad človeka na klímu našej planéty a aj na záchranárske aktivity človeka v horách. V tejto časti expozície sa ďalej nachádza interaktívny kútik pre deti, školskú mládež i dospelých. Nakoniec pozývame na rozhľadňu, z ktorej si môžeme prezrieť dominanty mesta Liptovský Mikuláš, niektoré z nich majú priamy vzťah s históriou múzea, aj panorámu kopcov, ktoré patria do dvoch najvýznamnejších chránených území Slovenska TANAP-u a NAPANT-u.